De 1788 a 1801, o governador da Bahia foi Fernando José de Portugal e Castro. A população estava insatisfeita e queixava-se dos preços das mercadorias básicas que eram elevados todos os dias. As opressões vinham de longe. Começaram com a transferência da capital para o Rio de Janeiro, em 1763. Salvador (antiga capital) perdeu privilégios e recursos financeiros. Também o aumento dos impostos e as exigências aos colonos agravaram as condições de vida dos baianos. Eles começaram a saquear açougues, mercados e vendas no geral, a fim de obter comida. “No Sábado de Aleluia de 1797, por exemplo, os escravos que transportavam carne destinada ao general-comandante de Salvador foram atacados pela multidão faminta”. (História do Brasil, Boris Fausto, p. 103)
Foram seis os principais motivos de revolta da Conjuração Baiana: a abolição da escravidão (diferente de outras revoltas que propunham apenas um governo igualitário, onde todos têm direitos e deveres individuais), a proclamação da República, a diminuição dos impostos, o livre comércio, especialmente com a França, o fim do preconceito e o aumento salarial. Essas ideias foram divulgadas em panfletos escrito por Luiz Gonzaga das Virgens, miliciano, e Cipriano Barata, médico e filósofo, principal líder da revolta que tinha grande influência da maçonaria e do Iluminismo francês. Barata ficou conhecido como médico dos pobres. Destacou-se como um dos mais combativos jornalistas brasileiros do período imperial, sendo contemporâneo de José Bonifácio de Andrada e Silva e de José Egídio Alves de Almeida.
No interior da capital baiana viviam os lavradores e roceiros. Na área urbana ficavam os artesãos, pequenos comerciantes e vendedores de rua, gente comum com pretensão de se tornar nobre. Nesse período a atividade manual era considerada inferior e esse ressentimento contra a metrópole fez os artesãos se rebelarem, em especial os alfaites.
Os altos impostos incomodavam as classes mais abastadas da Bahia, mas as discussões sobre o fim da escravidão os afastou do movimento. A população pobre sofria com o aumento do custo de vida, escassez de alimentos e preconceito racial. Nos anos de 1797 e 1798 ocorreram vários saques aos armazéns do comércio de Salvador. A forca, símbolo do poder colonial, foi incendiada. Nos quartéis, incidentes envolvendo soldados e oficiais tornavam-se frequentes. Esse clima tenso favorecia os ideais de liberdade.
O movimento estourou na Bahia no dia 12 de agosto de 1798. Os membros da revolta distribuíram e pregaram os panfletos sobre o movimento em frente a igrejas e nas ruas de Salvador, quando foram presos pelas autoridades. Em um dos panfletos estava escrito: “Animai-vos Povo baiense que está para chegar o tempo feliz da nossa Liberdade: o tempo em que todos seremos irmãos: o tempo em que todos seremos iguais”. (Ruy, 1942, p. 68.)
Os conjurados estavam cientes dos acontecimentos da Inconfidência Mineira e das ideias iluministas e republicanas das colônias inglesas. Essas ideias revolucionárias eram, em sua maior parte, difundidas pela elite reunida nas Lojas Maçônicas.
Os envolvidos na Conjuração Baiana foram reprimidos mais rigorosamente do que os da Inconfidência Mineira. Tudo leva a crer que a causa do castigo é que a Coroa portuguesa temia uma rebelião ainda maior por parte dos negros e mulatos que compunham quase 80% da população baiana. Centenas de pessoas foram denunciadas, entre eles militares, funcionários públicos e padres. Quarenta e nove dessas foram presas. No ano seguinte alguns membros do movimento foram enforcados a exemplo do alfaiate Manuel Faustino dos Santos Lira, do soldado Luís Gonzaga das Virgens e o mestre alfaiate João de Deus Nascimento. Os seus restos mortais deles foram colocados em praças públicas para servir como exemplo àqueles que lutavam contra a Coroa.